En las dos siguientes décadas, los 40 (llamada La época negra) y los 50 (caracterizada por la alineación apodada como "Los millonarios") el Real Zaragoza vaga sin pena ni gloria por el Campeonato alternando ascensos y descensos de categoría.

El día 30 de marzo de 1951, en Asamblea General Extraordinaria, se aprobaron varias modificaciones de los Estatutos, entre las que destacó el cambio de denominación del Club, Zaragoza F.C., por Real Zaragoza C.D. Por ello, igualmente, se modificó el escudo del Club, llevando desde entonces la corona real. Este derecho al nombre de Real había sido adquirido anteriormente por el Stadium. En el mes de abril de 1922, gracias a que el BOE publica el consentimiento de la Casa Real, el Stadium pasa a llamarse Real Sociedad Atlética Stadium. Este derecho al nombre de Real sería fundamental para que, tras varias fusiones, el equipo de Zaragoza tuviese ese tratamiento.